台南鐵路地下化的住戶拆遷是因為公共安全需求，賴清德萬里山區老家是在法規訂定以前就存在的，且並不是影響公共安全或交通、都市計畫這類需要拆除的違建。兩者狀況不能放在一起比較。

可以理解不願意搬遷者的心情，從規劃到動工經歷25年，這麼長的時間不會沒有溝通的管道跟程序，也是因為只剩兩戶不願意搬遷，才造成工程延宕。台南市政府針對受影響的拆遷戶除了有符合市價行情的「徵收費」之外，還有「拆遷補償」，以及「搬遷獎勵金」，也提供專案照顧住宅，可以營建成本價購買安置宅，不只有大樓形式也有獨棟房型或店舖可選擇。且工程拆遷範圍內非所有權人之現地居住戶，屬經濟弱勢者，個案核可申購照顧住宅。有需要貸款的住戶還提供台灣銀行全額比照公教優惠利率貸款。

雖然有點像是被迫搬新家，透天厝變成住大樓可能會不習慣居住空間變小，不過如果是透天厝老屋要翻修，需要花的錢也是百萬起跳。透天厝全拆戶能領得之徵收補償費總和，以東區、北區而言，每戶至少都有600萬以上，以專案照顧住宅成本價一坪10.5萬來算，買50坪是525萬，即足以購買任何一種住宅房型之照顧住宅，甚至含停車位。符合申購規定的鐵路地下化工程拆遷戶共有321戶，完成申購交屋有290戶，約90.3％，可以證明專案照顧住宅提供的條件，對大多數住戶來說都是可接受的方案。（資料：臺南市鐵路地下化專案之執行經驗）

台南市政府都發局：因台南鐵路地下化範圍內被徵收之透天厝全拆戶，能領得之徵收補償費總和，以東區、北區而言，每戶至少都有600萬以上，即足以購買任何一種住宅房型之照顧住宅，甚至含停車位，至於半拆及微拆戶，因受拆面積較小，且同時得保留部分土地及房屋，所保留位置將來面臨景觀公園道，極具發展潛力，該半拆及微拆戶，除可申購照顧住宅外，亦可依所保留土地興建、改建或再利用。且以東區透天厝全拆而言，補償金甚至高達千萬以上，包含反南鐵自救會陳會長徵收補償總額亦超過千萬；以全拆戶所得徵收補償而言，何來不足購買照顧住宅之情，部分人士流傳不實補償價格，亦將不證自明。（資料：台南市政府都發局 2023/12/18）

儘管自救會曾提起行政訴訟，但最後判決也以「南鐵東移案利益衡量並無瑕疵，也沒有違反比例原則」予以駁回。（資料：報導者2020/9/20）